Mikrobiyolojinin Tanımı 1
Mikroorganizmaların Taksonomideki Yeri 9
Mikrobiyolojinin Tarihsel Gelişimi 3
Hücre Yapısı 13
4.1. Ökaryotik Hücre
13
4.1.1. Sitozol 14
4.1.2. Endoplazmik Retikulum (ER) 15
4.1.3. Golgi Organeli 15
4.1.4. Lizozomlar 17
4.1.5. Mitokondriler 17
4.1.6. Kloroplastlar 18
4.1.7. Ribozomlar 19
4.1.8. Plazma Membranı (Hücre Zarı) 19
4.1.9. Hücre Duvarı 22
4.1.10. Siller ve Flagellumlar 22
4.1.11. Hücre Çekirdeği (Nükleus) 22
4.2. Prokaryotik Hücre 30
4.2.1. Sitoplazma Membranı 33
4.2.1.1. Besin Maddelerinin
Hücreye Alınmaları 35
4.2.2. Hücre Duvarı ve Dış Membran 42
4.2.3. Kapsül ve Mukoza 48
4.2.4. Pilus (Fimbria) 51
4.2.5. Flagella ve Hareket 52
4.2.6. Protoplazma, Sitoplazma Matriksi ve
İçerdiği Yapılar 57
4.2.6.1. Sitoplazmada Bulunan Enzimler 58
4.2.6.2. Depo Maddeleri 62
4.2.6.3. Diğer Yapılar 66
4.2.6.4. Endospor 69
Bakteri Çekirdeği ve
Replikasyon 73
5.1. Genom Büyüklüğü,
Sayısı ve Varlığının Gösterilmesi 73
5.2. Ribonükleik Asitlerin Yapısı 75
5.3. Watson-Crick Modeline Göre DNA’nın Yapısı 75
5.4. DNA’nın Denatürasyonu 80
5.5. Replikasyona İlişkin Hipotezler 81
5.6. Replikasyon Modelleri 84
5.7. Deoksiribonükleozit-tri-fosfatların (dNTP)
Sentezi 85
5.7.1. Pürin-Nükleotitleri Sentezi 85
5.7.2. Pirimidin-Nükleotitlerin Sentezi 88
5.8. DNA Replikasyonu 89
Protein Sentezi 93
6.1. Genetik
Kodlar ve Organizasyonu 93
6.2. Genetik Şifrenin Çakışmaz Doğası 95
6.3. Prokaryotlarda Gen Strüktürü ve Transkripsiyon
97
6.4. tRNA ve rRNA’yı Kodlayan Genlerin
Genel Organizasyonu 100
6.5. Ökaryotik Gen Yapısı ve Transkripsiyon 102
6.6. Ribozomların Yapıları ve İşlevleri 109
6.7. Taşıyıcı RNA (tRNA)’ların Yapıları ve İşlevleri
110
6.8. Translasyon 112
6.8.1. Aminoasitlerin Aktivasyonu 112
6.8.2. Başlama (İnitasyon) 114
6.8.3. Zincirin Uzaması (Elongasyon) 114
6.8.4. Sonlanma (Terminasyon) 117
6.8.5. Polipeptit Zincirlerinin Katlanması ve
Translasyon Sonrası Modifikasyonlar 118
6.8.6. Protein Sentezinin İnhibitörleri 119
Virüsler ve
Bakteriyofajlar 121
7.1. Virüsler 121
7.1.1. Virüslerin Genel Özellikleri 121
7.1.2. Virüslerin Yapıları ve Morfolojik
Sınıflandırılmaları 123
7.2. Bakteriyofajlar 126
7.2.1. Morfolojik Özellikleri ve Sınıflandırılmaları
126
7.2.2. Faj-Konakçı İlişkileri 131
7.2.3. Virulant Fajların Çoğalmaları (Litik Döngü)
131
7.2.4. Temperent Fajların Çoğalmaları ve
Gen Ekspresyonunun (İfadesinin) Regülasyonu 138
7.2.5. Faj İzolasyonu ve Faj Gelişiminde
Parametreler 143
7.2.5.1. Faj İzolasyonu 143
7.2.5.2. Faj Gelişiminde Parametreler 146
7.2.6. Bakterilerde Faj Direnç Sistemleri 147
Mikroorganizmaların Beslenmeleri ve Gelişmeleri 151
8.1.
Mikroorganizmaların Beslenmeleri 151
8.2. Mikroorganizmalarda Beslenme Tipleri 154
8.3. Saf Kültürler 155
8.3.1. Saf Kültür Elde Etme Teknikleri 155
8.4. Besiyeri Çeşitleri 159
8.5. Mikrobiyel Gelişme 161
8.5.1. Gelişme Eğrisi (Kurvesi) 162
8.5.2. Gelişme Kinetiği
(Gelişmenin Matematiksel İfadesi) 163
8.5.3. Gelişme Eğrisi Parametreleri 164
8.6. Sürekli Kültür 166
8.7. Mikrobiyel Gelişmeye Etki Eden Faktörler 169
Taksonomi ve
Prokaryotların Sınıflandırılması 181
9.1. Giriş 181
9.2. Prokaryotların Sınıflandırılmasında
Tarihsel Gelişim 181
9.3. Taksonomiye Hizmet Eden Üç Önemli Alan 182
9.3.1. Mikroorganizmaların Tanımlanmaları
(İdentifikasyon) 182
9.3.2. Mikroorganizmaların İsimlendirilmeleri 185
9.3.3. Mikroorganizmaların Sınıflandırılmaları 185
9.4. Prokaryotların Sınıflandırılması 192
9.4.1. Spiroketler (Spirochaeta) 192
9.4.2. Aerobik/Mikroaerofilik, Hareketli, Helikal
veya
Vibroid Gram Negatif Bakteriler 196
9.4.3. Hareketsiz veya Ender Hareketli, Gram Negatif
Kıvrık Bakteriler 197
9.4.4. Gram Negatif Aerobik/Mikroaerofilik Çubuk
Bakteriler ve Koklar 197
9.4.5. Fakültatif Anaerobik, Gram Negatif
Çubuk Bakteriler 198
9.4.6. Gram Negatif, Anaerobik, Düz, Kıvrık,
Helikal Çubuk Bakteriler 200
9.4.7. Disimilatorik Sülfat ve Sülfür (Kükürt)
Redükte Eden Bakteriler 201
9.4.8. Anaerobik Gram Negatif Koklar 201
9.4.9. Rickettsia ve Chlamydia’lar 201
9.4.10. Anoksijenik Fototrofik Bakteriler 202
9.4.11. Oksijenik Fototrofik Bakteriler 204
9.4.12. Aerobik, Kemolitotrofik Bakteriler ve Benzer
Mikroorganizmalar 209
9.4.13. Tomurcuklanan ve/veya İlave Uzantıları Olan
Bakteriler 210
9.4.14. Zarflı veya Kınlı Bakteriler 211
9.4.15. Fotosentetik Olmayan, Meyve Oluşturmayan,
Kayarak Hareket Eden Bakteriler 211
9.4.16. Meyve Oluşturan ve Kayarak Hareket Eden
Miksobakteriler (Myxobacteria) 213
9.4.17. Gram Pozitif Koklar (Cocci) 213
9.4.18. Endospor Oluşturan Gram Pozitif Çubuk
Bakteriler ve Koklar 214
9.4.19. Muntazam Çubuk Formlu, Sporsuz, Gram
Pozitif Bakteriler 216
9.4.20. Muntazam Olmayan Çubuk Formlu, Sporsuz, Gram
Pozitif Bakteriler 217
9.4.21. Mycobacteria (Mikobakteriler) 218
9.4.22. Actinomycet’ler (Aktinomisetler) 219
9.4.23. Hücre Duvarı Bulunmayan Mycoplasma
(Mikoplazma) Grubu Bakteriler 223
9.4.24. Archaeobacteria (Arkebakteriler) 224
Mikroorganizmaların Beslenmeleri ve Gelişmeleri 151
Bölüm 8
Taksonomi ve Prokaryotların Sınıflandırılması 181
Bölüm 9
Biyoenerjetiğin
Prensipleri ve Metabolizmaya Giriş 229
10.1. Enerji 229
10.2. Termodinamiğin Yasaları 231
10.3. Serbest Enerji ve Reaksiyonlar 232
10.4. Elverişsiz Reaksiyonların Elverişli
Reaksiyonlarla Birlikte İlerlemesi 235
10.5. ATP Molekülü ve Metabolizmadaki Rolü 236
10.6. ATP Molekülündeki Enerjinin Taşınması 238
10.7. Enerjice Zengin Diğer Moleküller 241
10.8. Oksidasyon-Redüksiyon Reaksiyonları 241
10.9. Elektron Taşıyıcılar
(Piridin ve Flavin-Nükleotitleri) 245
10.10. Enzimler ve Metabolizmadaki Rolleri 249
10.10.1. Kimyasal Reaksiyonlar ve Katalizörler 249
10.10.2. Biyokimyasal Reaksiyonlar ve
Biy
olojik Katalizörler 250
10.10.3. Enzimlerin Yapıları, Adlandırılmaları ve
Sınıflandır
ılmaları 253
10.10.4. Enzim Kinetiği (Michaelis-Menten Kinetiği)
257
10.10.5. Regüle Edilebilir Enzimler ve
A
llosterik Kinetik 263
Metabolizmada Temel Yollar 265
Bölüm 11
11.1. Glukozun Parçalanma Yolları 267
11.1.1. Embden-Meyerhof-Parnas Yolu (EMP-yolu) 267
11.1.2. Pentozfosfat Yolu (PP-Yolu) 270
11.1.3. Entner-Doudoroff Yolu (ED-Yolu) 273
11.2. Pirüvatın Asetil-CoA’ya Dönüşümü 275
11.3. Trikarbonasidi (TCA) Döngüsü 275
11.4. Anaflerotik Reaksiyonlar ve Glukoneogenez 277
11.5. Ribuloz-bi-fosfat (RuBP) Yolu 280
11.6. Karbonhidrat Metabolizması 282
11.6.1. Karbonhidratların Parçalanması 283
11.6.2. Karbonhidratların Sentezi 285
11.7. Aminoasit Metabolizması 286
11.7.1. Protein ve Aminoasitlerin Parçalanması 286
11.7.2. Aminoasit ve Proteinlerin Sentezi 288
11.8. Lipit Metabolizması 292
11.8.1. Yağ Asitlerinin Parçalanması 293
11.8.2. Yağ Asitlerinin Sentezi 293
Enerjinin Oksidatif Fosforilasyonla Kazanılması 297
Bölüm 12
12.1. Elektron Taşıma Sisteminin Elektron
T
aşıyıcıları 297
12.2. Elektron Taşıma Sistemi Bileşenlerinin Yapısı
299
12.3. Elektron Taşıma Sisteminin İşleyişi 301
12.4. Oksidatif Fosforilasyonun Mekanizması 303
12.5. P/O Oranı ve Glukozun Oksidasyon
Bilanç
osu 305
Enerjinin
Fermantasyon İle Kazanılması 307
13.1. Laktik Asit
Fermantasyonu 309
13.1.1 Starter ve Aroma Geliştirici Kültürler 312
13.1.2. Laktik Asit Bakterilerinde
Laktoz Metabolizması 317
13.1.3. Laktik Asit Bakterilerinde Aroma
Maddeleri Sentezi 319
13.1.4. Probiyotikler 322
13.2. Alkol Fermantasyonu 324
13.3. Propiyonat Fermantasyonu 326
13.4. Enterobacteriaceae ve Formiyat
F
ermantasyonu 328
13.4.1. E. coli’de Karışık Asit Fermantasyonu 330
13.4.2. E. aerogenes’te Bütandiol
Fermantasyonu 331
13.5. Clostridium’lar ve Bütirat-Bütanol
F
ermantasyonu 331
13.5.1. Clostridium’ların Fermantasyon
Özellikleri 332
13.5.2 Bütirat-Bütanol Fermantasyonu 333
13.5.3. Bütirat ve Asetat Üreten Diğer
Bakteriler 335
13.6. Homoasetat Fermantasyonu 335
Enerjinin
Anaerobik Solunumla Kazanılması 339
14.1. Nitrat
Solunumu (Denitrifikantlar) 340
14.2. Sülfat ve Kükürt Solunumu
(D
esülfürikantlar) 342
14.3. Karbonat Solunumu (Metanogenler ve
A
setogenler) 345
14.3.1. Yerkürede Karbondioksidin Dönüşümü 346
14.3.2. Metanogen Bakterilerde Metan Oluşumunun
Metabolizması 348
14.3.3. Metanogen Bakterilerde ATP Üretimi ve CO2
Asimilasyonu 348
14.4. Fumarat ve Demir Solunumu 352
Kemolitotrofik
Yaşam 355
15.1. Hidrojen
Bakterileri 356
15.2. Nitrifikantlar 357
15.3. Kükürt ve İndirgenmiş Kükürt Bileşiklerini
Okside Eden Bakteriler 359
15.4. Demirin [Fe(II)] Oksidasyonu 361
Enerjinin
Fotosentetik Fosforilasyonla Kazanılması 363
16.1. Oksijenik
Fotosentez 365
16.1.1. Işık Enerjisi ve Absorbsiyonu 366
16.1.2. Anten Pigmentleri 367
16.1.3. Fotoreaksiyonlar ve Elektronların Yolu 370
16.1.4. Proton Gradientinin Kuruluşu ve
Fotofosforilasyon 371
16.1.5. Karanlık Reaksiyonları ve Fotosentezin
Bilançosu 372
16.2. Anoksijenik Fotosentez 372
16.2.1. Fotosentetik Bakterilerde Pigment
Sistemlerinin Yerleşimi 373
16.2.2. Purpur Bakterilerinde Fotosentez 373
16.2.3. Chlorobiaceae’de Fotosentez 374
16.3. Halobacteria’da Işık Enerjisinin Kullanımı 376
Moleküler Azot
Fiksasyonu 377
17.1. Rizosfer ve
Mikroorganizmalar 378
17.2. Rhizobium’lar ve Simbiyotik Azot Fiksasyonu
378
17.3. Simbiyotik Olmayan Azot Fiksasyonu 382
17.4. Azot Fiksasyonunun Biyokimyası 383
17.5. Azot Fiksasyonu İçin Gerekli İz Elementler ve
Prosesi Engelleyen Faktörler 385
Metabolik
Regülasyon (Düzenleme) 387
Bölüm 18
18.1. Sentezlenmiş Enzimlerde Katalitik Aktivitenin
Regülasyonu 387
18.1.1. Kompetitif (Yarışmalı) İnhibisyon 388
18.1.2. Non-kompetitif (Yarışmasız) İnhibisyon 389
18.1.3. Ankompetitif (Sınırlı Yarışmalı) İnhibisyon
390
18.1.4. Çift Substratlı Enzim Reaksiyonları ve
İ
nhibisyon 390
18.1.5. Allosterik Enzimler ve Regülasyon 392
18.1.6. Kovalent Modifikasyon ile Regülasyon 397
18.2. Gen İfadesinin Regülasyonu 401
18.2.1. Bakterilerde Gen İfadesinin Düzenlenmesi
Çalışmalarının Tarihsel Süreci 401
18.2.2. Operon ve Gen Regülasyonuna
K
atılan Moleküller 402
18.2.3. Regülatör Protein ile Operatör Bağlanması
406
18.2.4. Prokaryotlarda Gen İfadesinin Regülasyonuna
İlişkin Çeşitli Örnekler 408
18.2.4.1. Transkripsiyon Başlangıcının Kontrolü 408
18.2.4.2. Terminasyon Transkripsiyonunun Kontrolü
414
18.2.5. Diğer Regülasyon Örnekleri 418
Kaynakça 423
İndeks 427 |