« Geri dön

» MOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER kitabı -içindekiler

İletişim bilgileri

 

Ana sayfa

Ana sayfa / Gıda Kitapları / »MOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER kitabı

MOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER 3. Baskı (DVD ile birlikte)

Yazar:

Prof. Dr. Temizkan & Arda

Boyutlar:

20 x 27 cm

[En x boy ]

Sayfa:

345

Basım Tarihi

3. İlave Baskı: 2012

Kitap kapağı:

Renkli, karton

Kitap içi:

Birinci hamur kâğıt

Tablolar ve resimler:

Rensiz

 

 

 

Fiyatını öğrenmek & Satın Almak istiyorum

  SİPARİŞ VER  

««  Fiyatını öğrenmek istiyorum

 

 

 

BÖLÜM 1. Moleküler Biyolojide Kullanılan Yöntemler: Genel Bakış 1

! .1. Parçalama (Homojenizasyon) Yöntemleri 4

1.1.1. Fiziksel Yöntemler 4

1.1.2 Kimyasal Yöntemler 7

1.2. Ayırma (Separasyon), Saflaştırma (Pürifikasyon) ve Analiz Yöntemleri 8

Süzme (Filtrasyon) 8

Diyaiiz 10

Dondurarak Kurutma (Liyofilizasyon) . 12

Çöktürme 13

Enzim Uygulaması 13

Santrifüjlerde 14

Krornatografi 23

Elektroforez 30

Spektral Yöntemler 39

Radyoizotopların Kullanımı 46

İmmünolojik Yöntemler 50

riiikleik Asit Melezlemesi (Hibridizasyon>. . . .' 51

Elektron Mikroskopisi 51

Yapı Analizleri .■ 52

BÖLÜM 2. DNA'nın İzolasyonu ve Analizi. 54

2.1. Kromozom DNA'sı İzolasyonu , 57

2 .1.1. Bakterilerden Kromozom (Genom) DNA'sı izolasyonu 57

Mayalardan Kromozom DNA'sı izolasyonu 59

Memelilerden Kromozom DNA'sı İzolasyonu 60

Bitkilerden Kromozom DNA'sı izolasyonu 62

2.2. Kromozom Dışı DNA'nın İzolasyonu 63

Plazmid DNA'sı İzolasyonu 64

Organel DNA'sı izolasyonu 65

2.3. DNA'nın Analizi 67

Spektral Yöntemler 67

Elektroforetik Yöntemler 68

2.3.2.1. Agarozlel Elektroforezi 68

2.3.2.2 "Pulse Field" Jel Elektroforezi 73

2.3.3. DNA'mrt Enzimatik Kesimi 73

Restriksıyon Endonükleazlarının Pratikte Kullanımı 75

DNA'nın Restriksiyon Endonükleazları ile Kesilmesi 76

BÖLÜM 3. RNA'nin İzolasyonu ve Analizi 81

3.1. Total RNA İzolasyonu 82

3.1.1 Gram (-) Bakterilerden Total RNA izolasyonu 82

Gram (+) Bakterilerden Total RNA izolasyonu 83

Mayalardan Total RNA izolasyonu . . 84

Memeli Dokularından Total KNA İzolasyonu 86

Bitkilerden Total RNA İzolasyonu 87

Organel (mitokondri] RNA'sı izolasyonu 88

mRNA'nın İzolasyonu 88

RNA'nın Analizi 90

Spektral Yöntemler 90

Elektroforetik Yöntemler 91

BÖLÜM 4. Bakteri Transformasyonu 95

Kimyasal Uygulama ile Transformasyon 96

Elektroporasyon ile Transformasyon (Elekrratrgnsformasyon) 98

BÖLÜM 5. DNA'nın Polİnıeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) ile Çoğaltılması 101

i'olimeraz Zincir Reaksiyonunun Oluşum Mekanizması .'. 102

PCR'nin Temel Bileşenleri ■ 102

53. PCR'nrn İşleyişi 109

5.4. PCR ile Doğru Ürünün Çoğaltılması 110

PCR Ürünlerinin Belirlenmesi ve Analizi : 111

PCR'de Kontaminasyondan Korunma 112

5-5. PCR Çeşitleri i ....'. ; 113

Yuvalanmış ("Nested") PCR ". '. , 113

Demirlenmiş ("Anchored") PCR ...„■..; 113

Geri ("Revers") Transkripsiyon PCR'si (RT-PCR) V. 114

Asimetrik PCR 115

Ters ("Inverse") PCR (IPCR) 115

İn sitü PCR 116

Çoklu (Mültipleks) PCR 116

Rastgele Çoğaltılmış Polimorfik DNA (RAPD) 116

İmmiino PCR 117

5.6- Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile HyHel 10 ScFv Geninin Çoğaltılması 117

BÖLÜM 6. Nükleik Asit Melezlcmesine Dayalı Yöntemler 121

6.1. İn situ Melezleme (Hibrîdizasyon) 123

6.1.1. ISH için Biyolojik Materyal Hazırlama 125

6.1.1.7. Dokunun Fiksasyonu 125

Lamların Hazırlanması. . 126

Kesit Alma 126

Gutun Halinde Hazırlanan Preparatlar 127

Materyale Uygulanan Ön işlemler .127

6.1.2. Denatûrasyon, Melezleme ve Yıkamalar .128

Melezleme Öncesi işlemler (Prehibridızasyon) . 128

Denatürasyon 128

Melezleme (Hibridizasyon) 129

Melezlenme Sonrası Yıkamalar (Posthibridizasyon) 130

6.1.3. İn situ Melezleme Bölgelerinin Saptanması 131

6.1.3.1. Radyoaktif Olmayan Probların Saptanması 131

6.1.4. İn sıtu Melezleme Problarının Seçimi 135

Prob Tipleri 135

Prob Uzunluğu 136

Probun İşaretlenmesi 137

Oligonükleotid Problan Di^oksigenin ile

İşaretleme (Boehringer Mannheim'in protokolünden) 138

6.1.5. in situ Melezlemede Kontrol 139

6.1.6. \n situ Melezlemede Ortaya Çıkan Sorunlar ve Çözümleri 140

b.lJ. Parafin Kesitlere DIG-/n situ Melezleme (ISH) 140

6.2. Southern Emdirimi ("Blotting") ve D(G Sistemi 147

Digoksİgenin (DIC) Sistemi: Prob işaretlenmesi .ve Belirleme 147

HyHel 10 ScFv Ceninin Prob Olarak İşaretlenmesi ve Belirlemesi 149

6.3. Northern Emdirimi ("Blotting"} ve Melezleme 155

BÖLÜM 7. Proteinlerin İzolasyonu, Analizi ve Saflaştırılması 161

Alet, Malzeme ve Kimyasal Maddeler . . . .■ 161

Protein Ekstresinin (Özütünün) Hazırlanması ......' 164

Protein Kaynağı Biyolojik Objeler 164

Protein Ekstraksıyonu ■. ■ 166

Saklama Koşulları ■ 169

7.3. Çözunebilen ("Soluble") Protein Ekstraksiyonlarmdan Örnekler 169

Memeli Dokularından Ekstraksiyon 169

Eritrositlerden Ekstraksiyon 170

Yumuşak Bitkisel Dokulardan Ekstraksiyon 1 70

Soya Fasulyesi Kotiledonlanndan Ekstraksiyon 171

Bitki Doku Kültürlerinden Ekstraksiyon 171

Mayalardan Ekstraksiyon 171

Bakterilerden Ekstraksiyon . 173

Yağlı Dokulardan Ekstraksiyon 1 74

Membran Proteinlerinin Ekstraksıyonu 1 74

Protein Konsantrasyonunun (Derişiminin] Belirlenmesi 177

A280/A260 Oranı (VVarburg - Christian Yöntemi) 178

Biüret Yöntemi 179

Boya-Bağlama (Bradford] Yöntemi 17C)

Lowry Yöntemi 181

7.6. Pıotein Ekstresinin Konsantre Edilmesi 182

Kuru Pohmer Kullanımı 182

Ultrafiltrasyon 182

Diyaliz 183

Çözeltinin Diyalizle Konsantre Edilmesi 186

Küçük Moleküllerin Diyalizle Uzaklaştırılması 187

Liyofilızasyon 187

Çöktürme 189

Trikloroasetîk Asit (TCA) ile Çöktürme 189

Organik Çözücülerle Çöktürme 189

Tuzla Çöktürme 190

Polietilen Glikol (PEG) ile Çöktürme 193

7.7. Protein Elektroforezi 193

Doğal lel Elektroforezi 200

Doğal Olmayan (Denatüre) lel Elektroforezi: SDS-PAGE 204

Düşük Molekül Ağırlıklı Polipeptidlerin Elektroforezi 211

Izoelekîrik Odaklama ve İki Boyutlu Elektroforez (2-DE] 213

Birinci Boyut: izoelektrik Odaklama -. 214

İkinci Boyut: SDS-PAGE (Şekil 7.15) \ 220

Sonuçların Değerlendirilmesi '. 221

7.7.5. Boyama ile Saptama . 223

Coomassie Boyama ' '. 224

Hızlı Comassie Boyama 225

Gümüş Boyama ', . . , . ■ 227

Hızlı Gümüş Boyama 1 . .- 228

7.7.6. Membrana Aktarımla Saptama: Western Emdirimi ("Blotting") 230

Western Emdirimde Ön İşlemler: Örneklerin Hazırlanması ve Elektroforez 235

|el Üzerindeki Proteinlerin Membrana Aktarımı . . .■ 237

Aktarımın Kontrolü ve Membranın Boyanması 241

İmmünolojik Saptama ("Immunodetection") 243

Alternatif Saptama Yöntemleri 246

Glikoproteinlerin Lektinlerle Saptanması 247

7.7.7. Elektroforetik Tekniklerde Karşılaşılan Sorunlar ve Çözüm Önerileri 24S

Tek Boyutlu Elektroforez (Doğal ve Denatiire PACE) 248

İki Boyutlu Elektroforez 252

Membrana Aktarım (Western Emdirimi) 255

7.8. Proteinlerin Saflaştırılması 257

7.8.1. İyon Değişimi Kromatografisi 259

7.8.1.1 - Proteinlerin İyonik Elüsyonla Kolondan Ayrılması 265

7.8.1.2. iyon Değiştiricilerde Afinite Elüsyonu ve Diğer Spesifik Olmayan Adsorbanlar 265

7.8.2. İlgi (Afinite) Kromatografisi 266

Ligandların Sınıflandırılması 266

Kromatografi Koşulları 268

7.8.3. Yalancı İlgi (Psödoafinite) Kromatografisi 269

7.8.3.1. Boya Ligand Kromatografisi 269

Hıdrofobik Etkileşim Kromatografisi 270

jel Geçirgenlik Kromatografisi 270

Yüksek Basınçlı Sıvı Kromatografisi {HPLC) 272

Kristallendirme ve Saflık Kontrolü 273

BÖLÜM 8. Enzimatik Analiz ve Aktivite Belirleme Yöntemleri 275

8.1. Enzimatik Analizin Teme] İlkeleri 275

Başlangıç Hızının Tanımlanması 277

Başlangıç Hızına ilişkin Sapmalar 277

8.2. Enzim Aktivite.sinin Tanımlanması ve Ölçülmesi 280

Aktivite Ölçüm Koşulları 281

Aktivite Ölçümlerinde Dikkat Edilmesi Gereken Noktalar 282

Enzim Aktivitesinin Hesaplanması: Birimler ve Spesifik Aktivile 282

8.3. Enzimlerle İlgili Deneysel Bilgiler 285

Doğrudan ve Devamlı Ölçüm 285

Dolaylı Ölçüm; .; 287

Kesikli Dolaylı Yöntem i 288

Devamlı Dolaylı Yöntem 289

Çift Enzim Yöntemi ("Coupled Assay") ■'. ; 290

8.4. Enzim Aktivitesinin Jel Üzerinde Gösterilmesi 291

8.4.1. Peroksidaz Aktivitesinin Poüakrilamid Jel Üzerinde Gösterilmesi 291

8.5. Enzim Kinetiği ■..;.:. 292

Enzim Kinetiğinin Temel Bağıntıları 293

Kinetik Değerlerin Saptanması İçin Enzim Aktivite Ölçümleri 296

Somut Değerlere Dayalı Kinetik Çalışma Örneği 301

Ekler : 303

İndeks 339

 

 

Sayfanın başı

 

 

 

Sayfanın başı