İçindekiler :

Önsözler  ...............................................................................................................     i-xxii 

Bölüm 12.       DNA'nın Moleküler Yapısı ve Kromozomlar...........................      1-45

12.1.         Giriş

12.2.         Nükleik Asitler

12.2.1.      Nükleik asitlerin miktarları

12.2.2.      Nükleik asitlerin moleküler yapıları

12.2.2.1.   DNA'nın kimyasal yapısı

12.2.2.1.1.              Pürinler

12.2.2.1.2.              Pirimidinler

12.2.2.2.   DNA'nın fiziksel yapısı

12.3.         DNA Sentezi ve Replikasyonu

12.3.1.      DNA'nın replikasyonu

12.3. l. l.   DNA replikasyonunun başlaması ve yönü

12.3.1.2.   Replikasyon enzimleri

12.3.1.2.1.              DNA polimerazlar ve DNA ligaz

12.3.1.2.2.              Diğer replikasyon enzimleri

12.3.1.3.   Replikasyonun ilerlemesi ve tamamlanması

12.4.         DNA'yı İncelememizi Kolaylaştıran Enzimler

12.5.         DNA'nın Tamir Mekanizması

12.6.         Genetik Şifre (Kod) ve Evrenselliği

12.7.         DNA Uzunlukları ve Bilgi Kapasiteleri

12.8.         Bitki Hücrelerinde DNA'nın Bulunduğu Yerler

12.8.1.      Çekirdek DNA'sı (kromozomal DNA)

12.8.2.      Organel genomları (sitoplazmik genomlar)

12.8.2.1.   Kloroplast DNA'sı (ctDNA)

12.8.2.2.   Mitokondri DNA'sı (mtDNA)

12.9.         DNA Kromozom İlişkisi (DNA'dan Kromozoma)

12.9.1.      GISH (genomik in si/u hibridizasyonu)

12.9.2.      FISH (floresan in situ hibridizasyonu)

12.10.       DNA'nın Ölçülmesinde Kullanılan Bazı Birimler

12.11.       Sonuç

                 Teşekkür
                 Kaynaklar

Bölüm 13.       Genlerin Moleküler Yapılan ve Protein Biyosentezi 45-79

13.1.         Giriş

13.2.         Genlerin Moleküler Yapıları

13.3.         Genlerin Çalışma Sistemleri

13.4.         Bir Gen-Bir Enzim Hipotezi

13.5.         Gen-Protein İlişkileri

13.5.1.      Proteinlerin yapısı

13.5.2.      Protein dizisinin belirlenmesi

13.6.         Protein Biyosentezi

13.6.1.      Protein biyosentezinin kuralları

13.6.2.      Transkripsiyon (Yazılım)

13.6.2.1.   Başlangıç safhası

13.6.2.2.   Uzama safhası

13.6.2.3.   Sona eriş safhası

13.6.3.      Translasyon (Çevrilim)

13.6.3. l.   Transfer RNA (tRNA)

13.6.3.2.   Genetik kod

13.6.3.2.1.              Kodonların çakışma durumu

13.6.3.2.2.              Kodda boşluk bulunmaması

13.6.3.2.3.              Kodun üçlü yazılıma sahip olması

13.6.3.3.   Kodun çözülmesi

13.6.3.4.   Kodon ve antikodon arasındaki anormal baz eşleşmesi

                 (Yalpalama hipotezi)

13.6.3.5.   Ribozomlar

13.6.3.6.   Protein biyosentezinin genel aşamaları

13.6.3.6.1.              Başlangıç safhası

13.6.3.6.2.              Uzama safhası

13.6.3.6.3.              Sona eriş safhası

13.6.3.6.4.              Protein biyosentezinin genel özeti

13.7.         Ökaryotlarda Protein Biyosentezinde Görülen Farklılıklar  Kaynaklar

Bölüm 14- Gen izolasyonu ve Klonlanması               80-111

Giriş

Gen Klonlama Stratejileri

Gen fonksiyonu veya ifadesinden hareketle gen klonlama

Protein saflaştırma

Mutant düzeltilmesi

Antisens RNA kullanımı

Subtraktif melezleme

Diferansiyel tarama ve diferansiyel gösterim

Dizi bilgisi, mRNA veya önceden klonlanmış genlerden harekede gen klonlama

Genomların komple dizi analizi

Rasgele cDNA analizi

Önceden klonlanmış genlerin kullanımı

Heterolog RFLP probları

PCR metodu

Entegre olabilen DNA etiketlemesiyle gen klonlanması

Transpozon etiketlemesi

T-DNA etiketlemesi

Haritalara dayalı gen klonlanması

Genin kabaca haritalanması ve geni çevreleyen markörler arasındaki uzaklığın baz

sayısı olarak belirlenmesi

Harita üzerindeki işaretlerden klonlanacak olan gene doğru ilerleme

Genetik harita ve BIBAC vektör sistemlerinin kombinasyonu

Genomik DNA dizisinde bir gen bulunduğunun ispatlanması

Sonuç

Kaynaklar

   

Bölüm 15.         Agrobacterium Aracılığıyla Gen Aktarımı .........   112-159

15.1.        Giriş

15.2.        Tümör ve Saçak Kök Oluşumu

15.3.        T-DNA Aktarımında Gerekli Olan Öğeler

15.3.1.     T-DNA bölgesi

15.3.2.     Virülens (w) bölgesi

15.3.3.     Kromozomal genler

15.4.        T-DNA Aktarımının Moleküler Mekanizması

15.4.1.     Agmbacteriuniun bitki hücrelerine tutunması ve koloni oluşturması

15.4.2.     Virülens genlerinin uyarılması

15.4.3.     T-DNA transferi

15.4.4.     T-DNA'nın bitki genomuna entegrasyonu

15.5.        Ti Plazmidlerinin Bitkilere Gen Aktarımında Kullanılması

15.5.1.     Ko-entegratif (as) vektörler

15.5.2.     İkili (binari//ra»j-) vektörler

15.5.3.     Bitkilere gen aktarımı

15.5.3.1.  Affvbacterium'un büyütülmesi ve muhafazası

15.5.3.2.  A., tumefaciens aracılığıyla tütüne gen aktarımı

15.5.3.3.  A, tumefaciens aracılığıyla lüpen bitkisine gen aktarımı

15.5.3.3.  A. tumefaciens aracılığıyla mısıra gen aktarımı

                Sonuç

                Teşekkür

                Kaynaklar

Bölüm 16.         Doğrudan Gen Aktarım Teknikleri  160-189

16.1.        Giriş

16.2.        Gen Aktarımının Prensipleri

16.2.1.     Genetik transformasyonda kullanılan alıcı hücreler

16.2.1.1.  Alıcı hücrelerin fizyolojisi

16.2. l .2.                Somoklonal varyasyon

16.2.2.     Aktarılan nükleik asit moleküllerinin özellikleri

16.2.2.1.  Promotorlar

16.2.2.2.  Seçici işaret (markör) genleri

16.2.2.3.  Raportör genler

16.2.3.     Gen aktarım sistemleri

16.3.        Doğrudan Gen Aktarım Teknikleri

16.3.1.     Agro-enfeksiyon

16.3.2.     Makro-enjeksiyon

16.3.3.     Protoplastlara gen aktarımı

16.3.3.1.  Kimyasal yöntemlerle protoplastlara gen aktarımı

16.3.3.2.  Lipozomlarla protoplastlara gen aktarımı

16.3.3.3.  Elektroporasyon ile protoplastlara gen aktarımı

16.3.4.     Hücre ve dokulara gen aktarımı

16.3.4.1.  Biyolistik (partikül bombardımanı)

16.3.4.2.  Mikro-enjeksiyon

            16.3.4.3.      Elektroforez ve mikro lazer

16.3.4.4.      Polen transformasyonu

16.3.4.5.      Polen tüpü yoluyla DNA aktarımı

16.3.4.6.      Zigotik embriyoya DNA emdirilmesi

16.3.4.7.      Fiberler aracılığı ile DNA aktarımı

16.3.4.8.      Sonikasyon

16.3.4.9.      Desikasyon
16.4.        Sonuç

Teşekkür

Kaynaklar

 

Bölüm 17.         Herbisitlere Dayanıklı Transgenik Bitkilerin Geliştirilmesi  190-207

17.1.        Giriş

17.2.        Herbisitler ve Etki Mekanizmaları

17.3.        Herbisite Dayanıklı Bitki Elde Edilmesi

17.3. l.    Hedef molekülün modifikasyonu

17.3.2.     Hedef molekülün fazla üretimi

17.3.3.     Etken maddenin detoksifikasyonu

17.4.        Glutamin Sentetaz İnhibitörleri

17.4.1.     PPT etki mekanizması

17.4.2.     PPT'ye dayanıklı transgenik bitkilerin geliştirilmesi

17.4.3.     PPT'yi detoksifiye edebilen enzimler

17.4.4.     Gen aktarım çalışmaları

17.5.        Sonuç

                Kaynaklar

 

Bölüm 18. Böceklere Dayanıklı Transgenik Bitkilerin Geliştirilmesi     208-238

 

18.1.        Giriş

18.2.        Bacillus thuringiensis 8-endotoksinleri

18.3.        Bt Geni Taşıyan Transgenik Bitkiler

18.4.        Diğer İnsektisidal Aktivite Gösteren Proteinler

18.4.1.     Proteinaz İnhibitörleri

18.4.2.     Lekünler

18.4.3.     Alfa-amilaz İnhibitörleri

18.4.4.     Kitinaz

18.4.5.     Kolesterol oksidaz

18.4.6.     Avidin

18.4.7.     Diğer stratejiler

18.5.        Sonuç

                Kaynaklar

 

Bölüm 19. Virüslere Dayanıklı Transgenik Bitkilerin    Geliştirilmesi 239-260

19.1.           Giriş

19.2.                 KM Proteini

19.3.                 Antisens RNA

19.4.         Virüsün Haraketini Sağlayan Proteinler

19.5.         Replikaz Genleri

19.6.         Ribozimler

19.7.                 Satelit ve Hasarlı RNA'lar

19.8.         Gen Inaktivasyonu

19.9.                 Dayanıklılık Genleri

19.10.       Ribozomları İnaktive Edici Proteinler

19.11.              Memeli 2',5' Oligoadenüat (2-5A) Sistemi

19.12.       Virüs Proteinlerine Karşı Antikor Kullanımı
                Kaynaklar

Bölüm 20.         Hastalıklara Dayanıklılığın Artırılması    261-287

20.1.                 Giriş

20.2.                 Bitki-Patojen İlişkisi

20.2.1.       Hastalık yapıcı bakteriler

20.2.2.              Hastalık yapıcı funguslar

20.2.3.              Bitki savunma sistemleri

20.2.3. l.          Genel (temel) dayanıklılık

20.2.3.2.          Özel (spesifik) dayanıklılık

20.3.                 Patojenik Bakterilere ve Funguslara Dayanıklı Bitki Üretimi

20.3.1.              Başka kaynaklardan izole edilen antimikrobiyal genlerin aktarımı

20.3.1.1           Antimikrobiyal peptitler

20.3.1.2.    Thionin grubu proteinler

20.3.2.       Bitki savunma genlerinin bitkilerde ifadesi

20.3.2.1.    Patojenin hücre duvarını etkileyen genlerin kullanımı

20.3.1.2.          Lizozimler

20.3.2.2.    Patojenez ile ilgili (PR) protein genlerinin bitkide ifadesi

20.3.2.3.    Poligalaktrunazı inhibe eden proteinler (PGIP)

20.3.3.       Fitoaleksin kodlayan genlerin bitkilerde ifade edilmesi

20.3.4.              Bitkilerde aktif oksijen türevlerinin üretimi

20.3.5.       Patojene ait virülens faktörlerinin etkisiz hale getirilmesi

20.3.6.       Monoklonal antikor genlerinin bitkilerde ifade edilmesi

20.4.          Dayanıklılık (R) Genlerinin Bitkilerden Klonlanması

20.5.                 Dayanıklılık Genlerinin (R) Bitkilerde İfadesi

20.6.                 Sistemik Dayanıklılık

20.7.                 Patojen Sinyalerinin İletimi ve Bitki Korumada Yararlanılması

20.8.          Hastalık Etmeni Tarafından Uyarılan Promotorların Seçimi

20.9.          Gen İfadesine Etki Eden Öteki Faktörlerin Optimizasyonu
                Kaynaklar

Bölüm 21.       Bitkilerde Strese Dayanıklılık Fizyolojisi .........   288-326

21.1.            Giriş

21.1.1.              Stres kavramı

21.1.2        Stres faktörleri (stresörler)

21.1.3.       Stres tarafından teşvik edilen fazlar

21.1.4.              Stresi tanıma

21.1.5.              Strese karşı bitki tepkileri

21.2.                 Radyasyon: Görünür Radyasyon (Işık) ve Ultraviyole Radyasyon

21.2.1.              Işık azlığı ya da gölge

21.2.1.1.    Işıkazbğındankaçınma

21.2.1.2.           Işık azlığına tolerans

21.2.2.              Güçlü ışık

21.2.2.1.           Güçlü ışığın neden olduğu zararlar

21.2.2.2.          Güçlü ışık stresine adaptasyon

21.2.3.              Ultraviyole radyasyonun zararları ve korunma yolları

21.3.                  Sıcaklık

21.3.1.              Bitkilerde ısı ve zararları

21.3.1.1.           Isı stresine adaptasyon

21.3.1.1.1.       Isıdan kaçınma

21.3.1.1.2.       Isı toleransı

21.3.2.              Bitkilerde üşüme

21.3.2.1.           Bitkilerde üşüme zararları

21.3.2.2.           Üşümeye adaptasyon

21.3.3.              Donma şekilleri ve zararları

21.3.3.1.           Donmaya adaptasyon

21.3.3.1.1.       Donmadan kaçınma

21.3.3.1.2.       Donma toleransı

21.3.3.1.3.       Kış kuraklığı

21.3.3.1.4.       Buz veya kar altında uzun süre kalmanın zararlı etkileri

21.4.                  Kuraklık

21.4.1.              Bitkilerde kuraklık zararları

21.4.2.              Kuraklığa adaptasyon

21.4.2.1.           Kuraklıktan kaçınma

21.4.2.2.           Kuraklık toleransı

21.5.                  Toprakta Oksijen Eksikliği

21.5.1.              Bitkilerde oksijen eksikliğinin yol açtığı zararlar

21.5.2.              Oksijen eksikliğine adaptasyon

21.6.                  Tuz Stresi

21.6.1.              Bitkilerde tuz stresinin zararları

21.6.2.              Tuza adaptasyon

21.6.2.1.           Tuz içeriğinin düzenlenmesi: Tuzdan kaçınma

21.6.2.1.1.       Tuzu bünyeye almama

21.6.2.1.2.